Мойкинское сельское поселение было образовано в соответствии с Областным законом Новгородской области «О преобразовании некоторых муниципальных образований входящих в состав территорий Батецкого муниципального района и внесении изменений в некоторые областные законы», принят постановлением Новгородской областной Думы от 24 марта 2010 года № 1337-ОД. В 2010 году состоялось объединение двух сельских поселений, Мойкинского и Вольногорского, объединение в одно — Мойкинское[4].
На территории сельского поселения до апреля 2010 года были расположены 26 населённых пунктов (деревень): Бор, Борок, Витцы, Воронино, Гастухово, Голешино, Григорьево, Дорогобуж, Заосье, Кошельково, Крючково, Марино, Мойка, Огурково, Остров, Погост-Саблё, Подборовье, Саблё, Середогощ, Скачели, Теребеник, Торчиново, Хотобужи, Хреплё, Чёрное, Яковлева Горка.
С апреля 2010 года из состава прежнего Вольногорского сельского поселения вошли также 14 деревень: Велегощи, Вольная Горка, Вольное Загорье, Вольные Кусони, Дубровка, Жестяная Горка, Кромы, Лугско, Люболяды, Любуницы, Мокрицы, Мыселка, Нехино и Очно.
Всего на территории сельского поселения с 2010 года 40 деревень.